Sığır Abort Materyallerinden Salmonella Dublin İdentifikasyonu veFilogenetik Pozisyonlandırılması

Identification and Phylogenetic Positioning of Salmonella Dublin from Aborted Cattle Materials

Özet

Bu çalışmanın amacı Türkiye’nin dört farklı şehrinden (Ağrı, Erzincan, Erzurum ve Kars) alınan 367 adet sığır aborte fötus örneklerine ait karaciğer ve akciğer dokuları ile abomazum içeriklerinde Salmonella Dublin’i izole etmek ve moleküler yöntemlerle karakterizasyonunu sağlamaktır. Doku ve içeriklerin uygun inkübasyonu sonrasında Salmonella spp. identifikasyonu yapıldı. DNA ekstraksiyonu için Salmonella spp. şüpheli kolonilere kuru ısı bloğu üzerinde kaynatma metodu, Salmonella spp.’ların tür düzeyinde identifikasyonu ve S. Dublin teşhisi için ise multipleks PCR metodu kullanıldı. Multipleks PCR analizi sonucunda S. Dublin’e özgü bant profili gösteren bir izolatın 16S rDNA dizi analizi ile sekanslaması ve filogenetik analizi gerçekleştirildi. S. Dublin identifikasyonu ise BLAST analizine göre ve NCBI GenBank’tan elde edilen benzerlik skorlarına göre yapıldı. Sığır atık fötal örneklerinde S. Dublin’in moleküler prevalansı %0.82 olarak saptandı. İzolatın 16S rRNA sekans bulguları birçok S. Dublin suşu ile benzer olarak bulundu. İzolatın 16S rRNA gen bölgesinin sekansı Genbankasına MZ452230 erişim numarası ve Erzurum VKEM suş ismi ile kaydedilmiştir. Sonuç olarak sığır atık fötusundan S. Dublin tanımlanmış ve 16S rDNA gen bölgesinin dizi analizi ile de S. Dublin’e filogenetik pozisyon kazandırılmıştır.

Abstract

This study was aimed to isolate, and characterize the Salmonella Dublin in the liver, lung tissues and the abomasum contents of 367 aborted cattle fetal samples obtained from four different cities (Ağrı, Erzincan, Erzurum and Kars) of Turkey by using molecular methods. After proper incubation of the tissues and contents, Salmonella spp. identification was performed. Colonies with suspicion of Salmonella were boiled on a dry heat block for DNA extraction, while multiplex PCR was used for species identification of Salmonella spp. and identification of S. Dublin. The multiplex PCR, 16S rDNA sequence, and phylogenetic analysis were performed on an isolate with a band profile specific to S. Dublin. The S. Dublin identification was performed according to BLAST analysis and similarity scores obtained from NCBI GenBank. Molecular prevalence of S. Dublin in the aborted fetal samples of cattle was 0.82%. The 16S rRNA sequence results of the isolate was found to be similar to many S. Dublin strains. The partial sequence of the 16S rRNA gene region of the isolate was recorded in the GenBank database with the name strain Erzurum VCRI and access number MZ452230. In conclusion, S. Dublin was identified in the aborted cattle fetuses and phylogenetic position was determined for S. Dublin using the sequence analysis of 16S rDNA gene region.