Simple sequence repeat markers and physiological characterization of some local Tunisian barley accessions

Bazı yerel Tunus arpa aksesyonlarının SSR markörleriyle ve fizyolojik karakterizasyonu

Abdellaoui RAOUDHA, Cheikh M'hamed HATEM, Ben Naceur M'BAREK, Rahmoune CHAABANE, Bettaib-Kaap LEILA, Ben Hmida JEANNETTE

Özet

13 yerel arpa türü ve Martin varyetesi arasındaki genetik çeşitlilik ve ilişki Basit Dizi Tekrar (SSR) markörleri ve fizyolojik özellikler kullanılarak araştırılmıştır. Moleküler çalışma 15 SSR primer kullanarak primer başına ortalama 2.6 tespit edilebilir bant oranı ile 43 bandın yaratıldığını göstermiştir. Çalışılan 14 arpa aksesyonu arasında bu bant- ların 39 tanesi (%83.9'u) polimorfik bantlardır. Aksesyonlar arasındaki genetik çeşitlilik ayrılığı toplamın %15'i ila %77.78.'i arasında değişmektedir. Önemli farklılıklar kuzey doğu türleri ve güneyliler arasında gözlenmiştir. Öte yandan Martin varyetesi kuzey doğulularla düşük farklılık göstermiştir. Grup analizi aksesyonlann çoğunluğunun coğrafi dağılımına uygun olarak gruplanabileceğini göstermiştir. Fizyolojik sonuçlar da coğrafik bilgiyi doğrula- maktadır. Fizyolojik ve moleküler verilerin Mantel testi ile analizinin düşük kolerasyon (r=0.276) göstermesine rağmen, her iki metot da incelenen aksesyonlar arasında yüksek derecede çeşitlilik göstermiştir. Bu bulgu gelecekte ıslah programlarında kullanılabilecek genetik çeşitlilik kaynağına işaret etmektedir.

Abstract

The genetic variation and relationships among 13 local barleys and the variety Martin were evaluated using Simple Sequence Repeat (SSR) markers and physiological traits. The molecular study showed that a total of 43 bands were generated by 15 SSR primers, with an average of 2.6 easily detectable bands per primer. Of these 43 fragments, only 39 (90.7%) were polymorphic among the 14 barleys studied. Within-accessions genetic variation dissimilarity ranged from 15% to 77.78% of the total. The important dissimilarities were observed between East-Northern accessions and Southern ones, whereas the variety Martin showed low dissimilarity with the East Northern ones. Cluster analysis indicated that most of the accessions could be clustered into groups, which basically coincided with their geograph- ical distribution. Also, physiological results indicated geographic information. Although comparison of physiologi- cal and molecular data using the Mantel test indicated a low correlation (r = 0.276), both methods showed a high degree of variation among analyzed accessions, indicating an important source of genetic diversity that can be used in future breeding programs.