Medaka (Oryzias latipes) Glukoz 6 Fosfat Dehidrogenez (g6pd) Geninin Genomik Organizasyonu

Genomic Organisation of Glucose 6 Phospate Dehidrogenese (g6pd) Gene of Medaka (Oryzias latipes)

Özet

Ekzotermik canlılar, serbest radikallerin zararlı etkilerinden korunabilmek için güçlü enzimatik veenzimatik olamayan antioksidan savunma sistemine gereksinim duyarlar. Çalışmada Glukoz 6 fosfatdehidrogenez (g6pd) enzim geninin tercih edilme nedeniyse, antioksidan savunma sistemin temelenzimlerinden birisi olmasıdır. Araştırmada medaka (Oryzias latipes) g6pd geninin yapısı (ekson ve introndizilimleri, TATA kutusu, CAAT kutusu, Poli A kuyruğu) belirlenmiş, bu genin transkribe ettiği amino asitlertespit edilmiş ve diğer omurgalılarda aynı gen tarafından üretilen protein dizilimleri NCBI veri tabanı veENSEMBL veri tabanlarından elde edilerek Bioedit programında dizileme işlemi yapılmış, benzerliközdeşlik oranları % olarak hesaplanmış ve tablo olarak verilmiştir. Ayrıca yine elde edilen protein dizilimleriesas alınarak, BioEdit yazılımı ve MEGA6 programı kullanılarak, medaka (O. latipes) ve diğer bazıomurgalılar arasındaki filogenetik ilişki belirlenmiştir. Medaka g6pd geninde bulunan, plati balığı(Xiphophorus maculatus), zebra baliği (Danio rerio), balon baliği (Fugu rupripes), şişen balık (Tetraodonnigoviridis) ve insan (Homo sapiens) g6pd/G6PD genlerinin kromozomlar üzerinde bulundukları bölgelerbelirlenerek manuel olarak korunmuş gen sentezi dizayn edilmiştir. Teleost balıkların stres oluşturanetmenlere karşı vermiş oldukları tepkiler, moleküler çalışmalarla ölçülmesi mümkün olan tepkilerdir vedolayısıyla çalışılan türün genetik özelliklerinin belirlenmesi biyoteknolojik çalışmalar bakımından oldukçaönemlidir. Bu nedenle biyoenformatik veri tabanları ve programlar kullanılarak medaka (O. latipes) g6pdgeninin karakterizasyonu ve identifikasyonu yapılmıştır. Böylece balıkların moleküler stres cevabıçalışmalarında kullanılabilecek öncü veriler, bu araştırma ile bilim dünyasına sunulmuştur.

Abstract

Exothermic organisms need a strong enzymatic and non-enzymatic antioxidant defense system in order to be protected from the harmful effects of free radicals. The reason of Glucose 6 phosphate dehydrogenesis (g6pd) enzyme gene is preferred in the study that this enzyme is one of the essential enzymes of the antioxidant defense system. In the study, the structure of the medaka (Oryzias latipes) g6pd gene (exon and intron sequences, TATA box, CAAT box, Poly A tail) was determined, amino acids transcribed by this gene were detected and protein sequences produced by the same gene in other vertebrates were recorded using data obtained from NCBI and ENSEMBL database, and the sequence of similarity-identity (%) was calculated and given as a table. Furthermore, based on the obtained protein sequences, the phylogenetic relationship between the medaka (O. latipes) and some other vertebrates was determined using BioEdit software and MEGA6 program. Conserved gene synthesis was designed by manually identifying the regions on the chromosomes of zebrafish, fugu, stickleback, platyfish and human g6pd genes of the conserved genes identified in the medaka. The responses of teleost fish to stress factors are possible to be measured by molecular studies and therefore it is very important for biotechnological studies to determine the genetic characteristics of the species studied. For this reason, characterization and identification of g6pd gene was performed by using bioinformatics databases and programs. thus, the pioneering data that can be used in molecular stress response studies of fishes have been presented to the scientific world with this research.