2-hidroksidiarilamid türevleri için 4DQSAR'da MCET yöntemi kullanılarak belirlenen farmakoforun moleküler docking ile doğrulanması

Confirmation by molecular docking of the pharmacophore defined as 4D-QSAR using the MCET method for the 2-hydroxydiarylamide derivatives

Özet

Pb (Kanserde tümör istilası ve metastazının temel süreçleri ile ilgili çeşitli olaylara aracılık ederek serin proteazları inhibe eden 2-hidroksidiarilamid türevi serisi için, aktiviteden sorumlu farmakofor (Pha), Moleküler Konformer Elektron Topolojik (MCET) yöntemi ile tahmin edilmiştir. Moleküllerin ve şablonun ortak çekirdek yapısındaki atomlar ile diğer yönlendirilmiş atomlar maksimum sayı olacak şekilde üst üste hizalanır. 4D-QSAR analizinde, Pha grubu tüm konformerler arasında reseptör tarafından en iyi etkileşime girebilen molekülü temsil etmek için seçilir ve kullanılır. Eğitim setinde önerilen model harici test setinde doğrulanmış ve her iki setteki Pha atomlarının elektronik tanımlayıcı değerleri dikkate alınmıştır. Bir veri dışarıda bırakılarak çapraz doğrulama (LOO-CV) ile eğitim setindeki 33 moleküle göre önerilen model (q2 = 0.998) harici test setinde 8 molekül (r2 = 0.993) kullanılarak doğrulanmıştır. MCET yönteminin bir sonucu olarak, önerilen farmakofor yapısı moleküler docking kullanılarak doğrulanmıştır.

Abstract

For the 2-hydroxydiarylamide derivative series that inhibitsserine proteases by mediating various events related to the basicprocesses of tumor invasion and metastasis in cancer, thepharmacophore (Pha) responsible for the activity was estimatedby the Molecular Conformer Electron Topological (MCET)method. The atoms in the common core structure of themolecules and template are aligned so that the remainingoriented atoms superimposition with the maximum number.Pha; in the 4D-QSAR analysis, it is selected and used torepresent the molecule that can interact best by the receptoramong all conformers. The model proposed in the training setwas verified in the external test set and the electronicidentifying values of the Pha atoms in both sets wereconsidered. With Leave One Out-Cross Validation (LOO-CV)the model proposed according to 33 molecules in the trainingset (q2 = 0.998) was validated by using 8 molecules (r2 = 0.993)in the external test set. As a result of the MCET method, theproposed pharmacophore structure was confirmed usingmolecular docking