Altı DNA bölgesinin bazı Polygalaceae’de Maximum Likelihood (ML) ve TaxonDNA yöntemleri ile in slico olarak değerlendirilmesi

An in-silico approach for the evaluation of six DNA barcodes by using Maximum Likelihood (ML) and TaxonDNA approaches for some Polygalaceae

Özet

Polygalaceae kozmopolit bir yayılıma sahip, 27 cins içinde yaklaşık 1,200 türe sahip geniş bir familyadır. Ancak birçok bitki grubu gibi, Polygalaceae türlerinin tanımlanması genellikle çiçek ve meyva karakterlerine bağlıdır. Bu nedenle DNA barkodlama yontemi steril materyalin doğru tanımlanmasını sağlayabilir. Bu çalışmada altı tane yaygın olarak kullanılan DNA barkodu, rbçL, matK, trnL-F DNA bölgesi (trnL intron+trnL-F dahil), tüm ITS (ITS1+5.8S+ITS2), ITS1 ve ITS2 DNA bölgelerinin, Maximum Likelihood (ML) ve TaxonDNA yöntemleri ile DNA barkodu olarak performansları değerlendirilmiştir. Sonuçlar göstermiştir ki, altı DNA bölgesinden hiçbiri ideal değildir, ancak Polygalaceae familyası için en uygun DNA barkodu matK gen bölgesidir.

Abstract

Polygalaceae is a large family with a cosmopolitan distribution, comprising ca. 1,200 species in 27 genera. However, similar to many plant groups, the identification of Polygalaceae species mostly depends on floral and fruit characteristics; therefore, DNA barcoding could easily warrant the correct identification of sterile material. In the current study, the utility of six widely employed plant DNA barcode loci, namely rbcL, matK, trnL-F region (including trnL intron+trnL-F intergenic spacer), the entire ITS (ITS1+5.8S+ITS2) as well as subunits ITS1 and ITS2 have been explored by performing Maximum Likelihood (ML) and TaxonDNA analyses. The results have shown that, while none of the six loci reviewed here completely fulfils the ideal DNA barcoding criteria; yet, matK region is the most useful DNA barcode for the Polygalaceae.