Tracking SARS-CoV-2, İzmir, Turkey

Özgür APPAK,Irmak GÜZEL,Abdurrahman GÜLMEZ,Nazlı ARSLAN,Murat DUMAN,Nurşen BELET,AYÇA ARZU SAYINER

Özet

Objective: With the rapid spread of SARS-CoV-2, a new coronavirus, around the world, a pandemic was declared by World Health Organization on March 2020. The first cases were reported in March 2020 from Turkey. In our hospital, the first pediatric case was detected on April 2, 2020. However, there is no data on whether this virus had been present in our region or not before this date. The aim of our study was to determine the first entry of SARS-CoV-2 virus to our region for pediatric patients. Material and Methods: SARS-CoV-2 positivity was investigated retrospectively with the RT-qPCR method in the pediatric respiratory tract specimens taken between the October 1, 2019 and March 31, 2020. In the specimens, SARS-CoV-2 RNA was studied using real-time PCR based “COVID-19 RT-qPCR Detection Kit”. Results: 886 samples were included in the study. Of the respiratory tract specimens, 97.1% were nasopharyngeal swabs, 2.8% were bronchoalveolar lavage. Most frequently, rhinovirus (28.6%), influenza A subtype H1N1 (pandemic H1N1) (18.5%) and influenza B (16%) were detected. Rhinovirus and enterovirus were the most frequent double agents seen together. No SARS-CoV-2 positivity was detected in the respiratory tract specimens studied. Conclusion: SARS-CoV-2 PCR test was conducted in a limited number of centers at the beginning of the pandemics may have affected the detection of the first case in Turkey. Multicenter studies of archived samples would enable more realistic results in tracking SARS-CoV-2 in our country.

Abstract

Giriş: Yeni bir koronavirüs olan SARS-CoV-2’nin dünya çapında hızla yayılmasıyla birlikte, Mart 2020’de Dünya Sağlık Örgütü tarafından bir pandemi ilan edildi. İlk vakalar Mart 2020’de Türkiye’den bildirildi. Hastanemizde ilk pediatrik vaka 2 Nisan 2020 tarihinde tespit edildi. Ancak bu virüsün bölgemizde bulunup bulunmadığına dair bu tarihten önce herhangi bir veri bulunmamaktadır. Çalışmamızın amacı, pediatrik hastalar için SARS-CoV-2 virüsünün bölgemize ilk girişini belirlemektir. Gereç ve Yöntemler: SARS-CoV-2 pozitifliği, 1 Ekim 2019 ile 31 Mart 2020 tarihleri arasında alınan pediatrik solunum yolu örneklerinde RTqPCR yöntemi ile retrospektif olarak araştırıldı. Örneklerde, SARS-CoV-2 RNA, gerçek-zamanlı PCR tabanlı “COVID-19 RT-qPCR Tespit Kiti” kullanılarak çalışıldı. Bulgular: Çalışmaya 886 örnek dahil edildi. Solunum yolu örneklerinin %97.1’i nazofaringeal sürüntü, %2.8’i bronkoalveolar lavajdı. En sık rinovirüs (%28.6), influenza A alt tipi H1N1 (pandemik H1N1) (%18.5) ve influenza B (%16) tespit edildi. Rinovirüs ve enterovirüs birlikte görülen en sık çift etkenlerdi. İncelenen solunum yolu örneklerinde SARS-CoV-2 pozitifliği tespit edilmemiştir. Sonuç: SARS-CoV-2 PCR testinin, Türkiye’de pandeminin başlangıcında sınırlı sayıda merkezde yapılmış olması ilk vakanın tespitini etkilemiş olabilir. Arşivlenmiş örnekler ile yapılacak çok merkezli çalışmalar, ülkemizde SARS-CoV-2’nin izlenmesinde daha gerçekçi sonuçlar sağlayacaktır