Dergiler / Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi / 2021 / Cilt: 26 - Sayı: 3
Akut Gastroenteritli Hastalardan İzole Edilen Rotavirüslerin Genotiplerinin İncelenmesi ve G9 Tipinin Artışı
- Sayfa
- 468–476
- DOI
- —
Özet
Giriş: Rotavirüs (RV), çocukluk çağında görülen gastroenteritlerin ve özellikle gelişmekte olan ülkelerde gastroenterite bağlı mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmanın amacı, hastaneye başvuran, 0-65 yaş arasında, akut gastroenteritli, RV hızlı antijen testi pozitif hastaların dışkı örneklerinde RV’ün genotiplerinin RT-PCR yöntemi ile belirlenmesidir. Materyal ve Metod: Bu çalışma Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na Ocak 2013 ile Nisan 2018 tarihleri arasında gastroenterit şikayeti ile başvuran ve dışkıları Mikrobiyoloji laboratuvarına yollanan ve immünokromatografik yöntem ile pozitif bulunan, 0-65 yaş arasındaki 87 (40 kız, 47 erkek) hastanın dışkı örnekleri toplanarak çalışılmıştır. RV VP-7 amplifikasyonu Beg9 ve End9 primerleri kullanılarak, G tiplendirme G1-G4 ve G9 için özgül primerler kullanılarak çalışılmıştır; VP-4 amplifikasyonu con-2 ve con-3 primerleri kullanılarak, P tipleri; P[8], P[4], P[6] ve P[9] için özgül primerler ile belirlenmiştir. VP4 ve VP7 gen amplifikasyonu için AccessQuick RT-PCR (Promega Corporation, Madison, WI), genotiplendirme için de PCR Mastermix (Promega, Madison, WI) kullanılmıştır. Bulgular: RV antijen pozitifliği saptanan olgularda cinsiyetler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. RV infeksiyonu en sık 12-23 aylık çocuklarda saptanmıştır. Antijen pozitifliğinin en sık kış ve sonbahar mevsiminde yoğunlaştığı izlenmiştir. Tiplendirme sonucunda G1 (%25.80), G2 (%3.22), G3 (%4.30), G4 (%6.45), G9 (%60.21) G tipi olarak belirlenmiştir. P4 (%1.14), P8 (%93.10), P6 (%5.74) P tipi olarak belirlenmiştir. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilmiştir. En sık görülen G/P kombinasyonu G9P[8] (%56.98) ve G1P[8] (%22.58) olduğu saptanmıştır. Sonuç: Tüm dünyada olduğu gibi Ankara’daki RV infeksiyonu olan olgularda da G9 ve P[8]’in sık saptanan genotipler olduğu görülmüştür. Türkiye’de yapılan çeşitli çalışmalara benzer şekilde en sık G9P[8] tespit edilmiştir. Bu nedenle bu veriler, RV aşı stratejilerinde göz önünde bulundurulmalıdır.
Abstract
Giriş: Rotavirüs (RV), çocukluk çağında görülen gastroenteritlerin ve özellikle gelişmekte olan ülkelerde gastroenterite bağlı mortalite ve morbiditenin en yaygın nedenlerindendir. Bu çalışmanın amacı, hastaneye başvuran, 0-65 yaş arasında, akut gastroenteritli, RV hızlı antijen testi pozitif hastaların dışkı örneklerinde RV’ün genotiplerinin RT-PCR yöntemi ile belirlenmesidir. Materyal ve Metod: Bu çalışma Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı’na Ocak 2013 ile Nisan 2018 tarihleri arasında gastroenterit şikayeti ile başvuran ve dışkıları Mikrobiyoloji laboratuvarına yollanan ve immünokromatografik yöntem ile pozitif bulunan, 0-65 yaş arasındaki 87 (40 kız, 47 erkek) hastanın dışkı örnekleri toplanarak çalışılmıştır. RV VP-7 amplifikasyonu Beg9 ve End9 primerleri kullanılarak, G tiplendirme G1-G4 ve G9 için özgül primerler kullanılarak çalışılmıştır; VP-4 amplifikasyonu con-2 ve con-3 primerleri kullanılarak, P tipleri; P[8], P[4], P[6] ve P[9] için özgül primerler ile belirlenmiştir. VP4 ve VP7 gen amplifikasyonu için AccessQuick RT-PCR (Promega Corporation, Madison, WI), genotiplendirme için de PCR Mastermix (Promega, Madison, WI) kullanılmıştır. Bulgular: RV antijen pozitifliği saptanan olgularda cinsiyetler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark saptanmamıştır. RV infeksiyonu en sık 12-23 aylık çocuklarda saptanmıştır. Antijen pozitifliğinin en sık kış ve sonbahar mevsiminde yoğunlaştığı izlenmiştir. Tiplendirme sonucunda G1 (%25.80), G2 (%3.22), G3 (%4.30), G4 (%6.45), G9 (%60.21) G tipi olarak belirlenmiştir. P4 (%1.14), P8 (%93.10), P6 (%5.74) P tipi olarak belirlenmiştir. Hem G hem de P tipleri birlikte tespit edilmiştir. En sık görülen G/P kombinasyonu G9P[8] (%56.98) ve G1P[8] (%22.58) olduğu saptanmıştır. Sonuç: Tüm dünyada olduğu gibi Ankara’daki RV infeksiyonu olan olgularda da G9 ve P[8]’in sık saptanan genotipler olduğu görülmüştür. Türkiye’de yapılan çeşitli çalışmalara benzer şekilde en sık G9P[8] tespit edilmiştir. Bu nedenle bu veriler, RV aşı stratejilerinde göz önünde bulundurulmalıdır.