Dergiler / Ziraat Fakültesi Dergisi / 2017 / Cilt: 12 - Sayı: 1
Isparta ve Burdur İli Domates Üretim Alanlarında Tomato chlorosis virus'un Nested-RT-PCR Yöntemiyle Tanılanması
- Sayfa
- 11–23
- DOI
- —
Özet
Bu çalışmada, Isparta ve Burdur illerin domates üretim alanlarında Tomato chlorosis virus (ToCV) varlığı araştırılmıştır. Bu amaçla bu illerin yoğun domates üretimi yapılan bazı bölgelerinde arazi çalışmaları yapılarak 24 farklı üretim alanından 85 adet domates örneği toplanmıştır. Elde edilen örneklerden öncelikle total nükleik asit izolasyonu yapılmış ve daha sonra tüm örneklere tersine transkripsiyon uygulanarak (reverse transcription, RT) cDNA sentezi sentezlenmiştir. Daha önce ToCV tanısında kullanılan ısı şoku protein homolog (heat shock protein homologue, hsp70h) genine spesifik primerler kullanılarak nested-RT-PCR yöntemiyle ToCV tanılaması yapılmıştır. Yapılan RT-PCR testleri sonucunda, 85 örnekten 6 tanesinin ToCV pozitif olduğu belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar Isparta ve Burdur illerinde ToCV varlığını ilk kez göstermiş, ancak enfeksiyon oranının düşük (Isparta % 5,71 ve Burdur % 8,00) olduğunu ortaya koymuştur. Burdur'dan elde edilen ToCV55 numaralı izolatının hsp70h geni yeniden çoğaltılarak DNA dizisi belirlenmiştir. Bu izolatın DNA dizisi dünyanın farklı domates üretim bölgelerinden elde edilen ToCV izolatların hsp70h genleriyle karşılaştırılmış ve filogenetik analizler yapılmıştır. Yapılan dizi analizleri sonucunda, Burdur 55 ToCV izolatının diğer ToCV izolatlarıyla %93-95 oranında benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. Yapılan filogenetik analizler ToCV izolatlarının hsp70h genine göre iki ana gruba ayrıldığını, ancak Burdur 55 izolatının bu iki grubun dışında kalan farklı bir izolat olduğunu göstermiştir.
Abstract
In this study, Tomato chlorosis virus (ToCV) was investigated in tomato production areas of Isparta and Burdur provinces. For this purpose surveys were conducted in some tomato production areas of Isparta and Burdur and 82 tomato samples were collected from 24 different production areas. First, total nucleic acid was isolated and then cDNA was synthesized from all samples by reverse transcription, (RT). ToCV was then detected by nested RT-PCR method using heat shock protein homologue (hsp70h) gene-specific primes previously used for ToCV detection. RT-PCR results showed that 6 of the 82 samples were infected with ToCV. The results showed the presence of ToCV in Isparta and Burdur for the first time but the infection rates was low (5.71% in Isparta and 8.00% in Burdur). The hsp70h gene of Burdur isolate ToCV55 was re-amplified and sequenced. The sequence was compared with the hsp70h genes of isolates from different tomato production areas and phylogenetic analysis was performed among ToCV isolates. As a result of nucleotide sequence comparison Burdur 55 showed 93-95% similarity with other ToCV isolates. Phylogenetic analysis revealed that ToCV isolates were divided into two main groups according to hsp70h gene; however, Burdur 55 isolate was outside of these two groups indicating that it is different from others isolates.