Dergiler / Veterinarium / 2000 / Cilt: 11 - Sayı: 1
Analysis of a contig sequence in Drosophila melanogaster
- Dergi
- Veterinarium
- Sayfa
- 59–63
- DOI
- —
Özet
Bu çalışmada sirke sineğinde (D. melanogaster) bulunan 80 kilobazlık bir nükleotid diziliminin incelenmesi amaçlanmaktadır. P[GAL4]c682 etrafında oluşan genetik kayıpları analiz etmek için Polymeraz Zincir Reaksiyonlarında (PCR) kullanılmak üzere primer düzenleme işlemi sırasında sirke sineği gen projesinden Acp26Ab4 adlı bir kontig bulundu. Bu kontigin nükleotid düzeyinde moleküler haritasını ortaya koymak üzere Open Reading Frame (ORF) analizi uygulandı. Bu araştırma ile RBP2, GLB-1, MTM-1, XRRC1, 5-HT? ve SH2-SH3 içeren bir takım gen veya proteinlerle birlikte işaretlenmiş nükleotid klonlarmın (ESTs) varlığı ortaya konulmuştur. Bunlara ilaveten bu kontigde 3 adet bilinen letalin(P-elementi insörsiyonu) bulunuşu ile bunların kontig üzerindeki pozisyonları işaretlenmiş nükleotid primerleri (STS) ve birbirleri ile örtüşen P1 klonları yardımı ile tespit edilmiştir. Çalışmada 66-71 kilobazlar arasındaki bölgeye uygulanan ÖRF analizi burada lokalize olan P-element insörsiyonunun (P[GAL4]c682) detaylı genomik haritasını belirlemiştir. Ayrıca farklı genomik organizasyonlar gösteren ve birbirleri ile örtüşen 2 yeni genin varlığıda bu çalışmada ortaya konulmuştur. Bilgi bankası araştırmaları P[GAL4]c682'nin kesin sitolojik ve moleküler lokalizasyonunu ikinci kromozomda 26B2 bölgesinde olduğunu göstermiştir.
Abstract
This study examines an 80Kb contig sequence from D.melanogaster, the fruitfly. The sequence names Acp26Ab4 was found on the fruitfly database to design primers for the molecular analysis of the flanking deletions occurred around the P[GAL4]c682 insert. An open reading frame (ORF) was performed to reveal the molecular map of the contig at the nucleotide level. The search first demonstrated a number of homologues of RBP2, GLB-İ, MTM-1, XRRC1, 5-HT7?, an SH2-SH3 domain protein and a number of ESTs. There are three known lethals (P-element insertions) within this contig and the position for them was determined using STS primers to the P-element and for the overlapping P1 clones from the region. The ORF analysis between 66 and 71Kb region of contig determined the fine map of P[GAL4]c682 genomic region and revealed the existence of two overlapping genes at different genomic organisation. The database search in the contig also determined the definite cytological and molecular position of the P[GAL4]c682 insert on the second chromosome as 26B2.