Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2005 / Cilt: 39 - Sayı: 4
Tüberküloz dışı mikrobakteri izolatlarının tanımlanmasında INNO-LIPA mycobacteria, INNO-LIPA mycobacteriav2 ve hsp65 dizi analizinin karşılaştırılması
- Sayfa
- 437–445
- DOI
- —
Özet
Bu çalışmada, klinik örneklerden elde edilen 29 adet mikobakteri izolatının tanımlanmasında polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ters hibridizasyon temelli INNO-LİPA Mycobacteria ve INNO-LİPA Mycobacteria v2 (Innogenetics, Ghent, Belgium) testleri ile hsp65 geninin parsiyel dizi analizinin performansları değerlendirilmiştir. Çalışmada saptanan yeni ve özgün hsp65 gen dizileri AY379074, AY379077, AY379075 ve AY553874 kabul numaraları ile EMBL (European Molecular Biology Laboratory) gen bankasında saklanmıştır. Bütün mikobakteri izolatları her iki LiPA testinde de cins düzeyinde saptanmış, ayrıca, LiPA Mycobacteria v2 ile bu çalışmada değerlendirilen 9 farklı mikobakteri türünden 8'i {M.kansasii, M.gordonae, M.avium, M.intracellulare, M.chelonae, M.abscessus, M.fortuitum ve M.peregrinum) tür düzeyinde tanımlanmıştır. 16S-23S rRNA ITS bölgesini hedef alan LİPA testlerinden elde edilen tanımlama sonuçları ile hsp65 genine yönelik DNA dizi analizi sonuçları arasında bir uyum olduğu görülmüştür. LİPA Mycobacteria v2 ile bütün mikobakteri türlerinin tanımlanamamasına karşın, bu testin DNA dizi analizinin yapılamadığı klinik laboratuvarlarda rutin çalışmalarda yararlı olacağı sonucuna varılmıştır.
Abstract
In this study, polymerase chain reaction (PCR) reverse hybridization based line probe assays, INNO-LiPA Mycobacteria and INNO-LiPA Mycobacteria v2 (Innogenetics, Ghent, Belgium) and partial sequencing of hsp65 gene were evaluated for the identification of 29 clinical mycobacterial isolates. Unique hsp65 sequences identified during the study were deposited in EMBL (European Molecular Biology Laboratory) under accession numbers AY379074, AY379077, AY379075 and AY553874.All mycobacteriai isolates were identified at the genus level on both LiPA assays, whereas 8 of 9 different known mycobacteria species (M.kansasii, M.gordonae, M.avium, M.intracellulare, M.chelonae, M.abscessus, M.fortuitum and M.peregrinum) were identified at species level with LiPA Mycobacteria v2. A clear correlation was found between the results of identifications obtained by the both LiPA assays, which targeted the 16S-23S rRNA ITS region, and DNA sequencing, which targeted the hsp65 gene. In conclusion, although LiPA Mycobacteria v2 could not identify all mycobacteria species, it may be especially useful for routine work in clinical laboratories, which are not capable of carrying out DNA sequencing.