Dergiler / Mikrobiyoloji Bülteni / 2011 / Cilt: 45 - Sayı: 2
Yüksek risk altındaki hastaların klinik örneklerinde BK ve JC virus DNA pozitifliğinin gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile araştırılması
- Sayfa
- 280–287
- DOI
- —
Özet
İnsan polyomavirusları olan BK virus (BKV) ve JC virus (JCV), toplumlarda yaygın olarak bulunan ve latent enfeksiyon oluşturan küçük DNA viruslarıdır. Hayatın erken dönemlerinde kazanılan primer BKV/JCV enfeksiyonları genellikle asemptomatik seyretmektedir. Ancak kemik iliği ve solid organ transplantasyonu yapılan ya da kanserli hastalar gibi immün sistemi baskılanmış hastalarda bu virusların reaktivasyonu ciddi klinik tablolara yol açabilmektedir. Bu retrospektif çalışmanın amacı, polyomavirus enfeksiyonu yönünden yüksek risk altındaki hastaların klinik örneklerinde BKV ve JCV DNA varlığının gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) ile araştırılmasıdır. Çalışmaya, Temmuz 2007-Ocak 2009 tarihleri arasında, immün sistemi bozuk/baskılanmış hastaların yattığı kliniklerden laboratuvarımıza gönderilen, 115 hastaya ait toplam 268 örnek (62 kan, 206 idrar) dahil edilmiştir. İdrar ve kan örneklerinden viral nükleik asit izolasyonu “High Pure PCR Template Preparation Kit” (Roche, Almanya) ile yapılmış ve DNA’lar küçük t antijeninin 174 (JCV) ve 219 (BKV) baz çiftlik bölgesini çoğaltan primer dizilerini içeren amplifikasyon karışımı (TIB Molbiol GmbH, Almanya) ve hibridizasyon probları (Roche, Almanya) kullanılarak LightCycler (Roche Applied Science, Almanya) cihazı ile çoğaltılmıştır. Çalışmaya alınan örneklerde polyomavirus DNA pozitifliği %33.2 (89/268) olarak saptanmıştır. BKV ve JCV DNA pozitifliği örneklere göre değerlendirildiğinde; idrar örneklerinin %25.2 (53/206)’sinde BKV, %14.5 (30/206)’inde JCV ve %2.4 (5/206)’ünde hem BKV hem de JCV DNA varlığı tespit edilmiştir. Kan örneklerinin sadece birinde (1/62; %1.6) BKV DNA pozitifliği belirlenirken, hiçbirisinde JCV DNA’sı saptanmamıştır. Örneklerdeki BKV ve JCV DNA pozitiflik oranlarının gönderildikleri kliniklere göre dağılımı ise sırasıyla; çocuk nefroloji servisi için %24.3 ve %9.5; böbrek transplantasyon ünitesi için %9.6 ve %8.2; erişkin nefroloji servisi için %13.5 ve %18.9; kemik iliği transplantasyon ünitesi için %30.8 ve %15.4; çocuk hastalıkları kliniği için %22.9 ve %8.6 olarak saptanmıştır. Çocuk hematoloji servisinden gelen örneklerde %36.4 oranında (4/11) BKV pozitifliği saptanmasına karşın JCV pozitifliği izlenmemiş; erişkin hematoloji servisinden gelen üç örneğin birinde JCV pozitifliği saptanmasına karşın BKV pozitifliği bulunmamıştır. Yoğun bakım ünitesinden gelen altı örneğin üçünde BKV saptanırken, çocuk endokrinoloji servisinden gelen iki örnekte de JCV saptanmıştır. BK viremisinin tespit edildiği tek hasta böbrek transplantasyon ünitesinde yatmaktadır. Her iki virusa ait DNA pozitifliği idrar örneklerinde %1.9 (5/268) gibi oldukça düşük oranda saptanmıştır. Çalışılan örneklerin %24.7 (22/89)’sinde BKV DNA ≥ 107 kopya/ml, %2.2 (2/89)’sinde JCV DNA ≥ 107 kopya/ml, %2.2 (2/89)’sinde ise hem BKV hem de JCV DNA’ları ≥ 107 kopya/ml olarak belirlenmiş; bu örneklerin tümünün idrar olduğu izlenmiştir. Bu çalışmadan elde edilen veriler, hastanemizde immünsüpresif hastaların izlendiği klinikler ile BKV/JCV enfeksiyonlarının tanısı ve hastaların takibi konusunda ortak bir algoritma belirlenmesine olanak sağlamıştır. Sonuç olarak, BKV ve JCV reaktivasyon ve enfeksiyonlarının önem taşıdığı hasta gruplarında özellikle de kemik iliği ve böbrek nakli yapılan merkezlerde, tanı ve takibe yönelik programların oluşturulması gerektiği düşünülmüştür.
Abstract
Human polyomaviruses, namely BK (BKV) and JC (JCV) viruses are small DNA viruses that cause latent infections worldwide. Primary infections are usually acquired in the early periods of life and are generally asymptomatic. However BKV/JCV infections may cause severe clinical conditions in immunosuppressive patients such as bone marrow and solid organ transplantation or cancer patients. The aim of this retrospective study was to investigate the presence of BKV and JCV nucleic acids by real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) in the clinical samples of patients with high risk. A total of 268 (62 blood, 206 urine) samples obtained from 115 immunocompromised patients hospitalized in Gazi University Hospital between July 2007 to January 2009, were included to the study. Viral nucleic acids were extracted from the samples with High Pure PCR Template Preparation Kit (Roche, Germany). By using amplification mix (TIB Molbiol GmbH, Germany) that included primers targeting 174 (JCV) and 219 (BKV) base pair fragments of the small t antigen, and hybridization probes (Roche, Germany), nucleic acids were amplified with LightCycler (Roche Applied Science, Germany) system. As a result, total polyomavirus DNA positivity rate was found as 33.2% (89/268). When BKV and JCV DNA positivities were evaluated according to the samples, 25.2% (53/206) of urine samples yielded positive results for BKV, 14.5% (30/206) for JCV and 2.4% (5/206) for both BKV and JCV. Only one of the blood samples (1/62; 1.6%) were found positive by means of BKV DNA, while none of the blood samples were positive for JCV DNA. The distribution of BKV and JCV DNA positivity rates according to the inpatient clinics were as follows, respectively; 24.3% and 9.5% for pediatric nephrology, 9.6% and 8.2% for renal transplantation unit, 13.5% and 18.9% for adult nephrology, 30.8% and 15.4% for bone marrow transplantation unit, 22.9% and 8.6% for pediatric clinics. In samples from pediatric hematology patients, BKV positivity was 36.4% (4/11), while there were no JCV positivity. However, in hematology patients, while JCV was positive in one of the three samples, no BKV positivity was detected.