Kars Yöresinde Sığırlarda Cryptosporidium parvumSubtiplerinin Belirlenmesi

Determination of Cryptosporidium parvum Subtypes in Cattle in Kars Province of Turkey

Özet

Bu çalışma; Kars yöresindeki sığırlarda Cryptosporidium parvum subtiplerini belirlemek amacıyla yapılmıştır. Sığırlardan elde edilen 13 adet (10'u buzağı, 3'ü inek) C. parvum izolatının DNA ekstraksiyonu (DNA Stool Kit) yapılarak genomik DNA elde edilmiştir. Primer ve sekonder PCR ile 18S rRNA gen amplifikasyonu yapılmıştır. Sekonder PCR ürünü SspI, VspI ve MboII restriksiyon enzimleri kullanılarak RFLP analizi gerçekleştirilmiştir. Cryptosporidium parvum izolatlarında GP60 gen amplifikasyonu sonucu sekonder PCR ürünü elde edilmiştir. PCR ürünleri Agaroz jel DNA ekstraksiyon kiti kullanılarak saflaştırıldıktan sonra sekans analizi yapılmıştır. Çalışmada; Cryptosporidium parvum'un IIa (12/13) ve IId (1/13) subtip familyası ile IIaA15G2R1 (10/13), IIaA16G3R1 (2/13) ve IIdA15G1 (1/13) subtipleri tespit edilmiştir. Buzağılarda C. parvum IIaA15G2R1 (9/10), IIaA16G3R1 (1/10), ineklerde C. parvum IIaA16G3R1 (2/3) ve IIdA15G1 (1/3) subtipleri belirlenmiştir. İshalli buzağılarda C. parvum IIa subtip familyası (8/8) ve IIaA15G2R1 (7/8) subtipi yaygın olarak saptanmıştır. Bu sonuç zoonotik Cryptosporidium potansiyeli nedeniyle bölgedeki buzağıların insanlar için önemli risk olduğunu göstermektedir. Türkiye'de sığırlarda C. parvum subtipleri ilk defa bu çalışma ile bildirilmiştir

Abstract

The objective of this study was to determine the subtypes of Cryptosporidium parvum in cattle in Kars province of Turkey. Cryptosporidium parvum isolates (from 10 calves and 3 cows) were obtained from the samples positive for Cryptosporidium oocysts with a saline flotation method. Genomic DNA was obtained by DNA extraction (DNA Stool Kit). 18S rRNA gene amplification was performed by primary and secondary PCR techniques. The secondary PCR product was subjected to RFLP analyses using restriction enzymes SspI, VspI and MboII. GP60 gene amplifications were done in C. parvum fecal isolates and secondary PCR products were obtained. PCR products were purified by agarose gel DNA extraction kit and then sequence analysis was performed. As a result, Cryptosporidium parvum IIa (12/13), IId (1/13) subtype family and IIaA15G2R1 (10/13), IIaA16G3R1 (2/13), IIdA15G1 (1/13) subtypes/subgenotypes were identified in cattle. Cryptosporidium parvum IIaA15G2R1 (9/10) and IIaA16G3R1 (1/10) were determined in calves. Cryptosporidium parvum IIaA16G3R1 (2/3) and IIdA15G1 (1/3) were determined in cows. The subtype family of C. parvum IIa (8/8) and subtype of C. parvum IIaA15G2R1 (7/8) were common in diarrhoeic calves. This result shows that calves carry potential risk factors for humans in the region due to zoonotic Cryptosporidium spp. Cryptosporidium parvum subtypes were determined and reported for the first time in Turkey in this article