Dergiler / Kafkas Üniversitesi Veteriner Fakültesi Dergisi / 2013 / Cilt: 19 - Sayı: 3
Analysis of genetic diversity in indigenous Çine Çaparı sheep under conservation by microsatellite markers
- Sayfa
- 383–390
- DOI
- —
Özet
Çalışmada, Adnan Menderes Üniversitesi Çine Çaparı Koruma Programı (ADÜ-ÇÇKP) kapsamında oluşturulan koruma sürüsü ile 2 yetiştiricide bulunan toplam 123 baş hayvanda 10 mikrosatellit lokusu kullanılarak genotipleme yapılmıştır. Sürüler arası genetik benzerlik ve uzaklıklar incelenmiştir. Mikrosatellit işaretleyici başına elde edilen allel sayısı 7 (OarCP34) ile 17 (OarFCB193) arasında değişmekle birlikte lokus başına ortalama allel sayısı 11.5tur. Populasyon bütününü oluşturan ADÜ-ÇÇKP, EA ve MV sürülerinde belirlenen toplam allel sayıları sırasıyla 104, 72 ve 45 olarak belirlenmiştir. Allel sayıları bakımından sürüler arası gözlenen bu ciddi fark iki yetiştirici sürüsüne oranla ADÜ-ÇÇKP koruma sürüsünde yüksek genetik çeşitliliğe işaret etmektedir. Diğer allelere oranla farklı büyüklükte allelerin gözlenmesi sürülere özgün özel allellerin varlığına işaret etmektedir. Polimorfik bilgi içeriği (PIC) değerleri dikkate alındığında en yüksek ve en düşük polimorfizm değerleri OarFCB193 ve OarFCB304 lokusları için sırasıyla 0.875 and 0.699 olarak belirlenmiştir. Ele alınan tüm lokuslara dayalı değerlendirme sonucunda gözlenen (Ho) ve beklenen (He) heterozigotluk ortalamaları sırasıyla 0.727 ve 0.789 olarak elde edilmiştir. En yüksek genetik benzerlik (0.8262) ADÜ-ÇÇKP koruma sürüsü ile Erdoğan Aktürke ait sürü arasında ortaya çıkmıştır. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar yerli Çine Çaparı koyunlarda genetik yapının tanımlanmasına yardımcı olmakla birlikte gelecekte bu ırkın korunmasına yönelik çabalara fayda sağlayacaktır.
Abstract
In this study, 123 animals from 3 different flocks (ADU-ÇÇKP conservation flock and two breeders flocks) were genotyped with 10 microsatellite markers to investigate genetic diversity in the endangered native Çine Çaparı sheep breed. The number of alleles per microsatellite marker ranged from 7 (OarCP34) to 17 (OarFCB193), with an average of 11.5 alleles per locus. Total number of alleles for the investigated 10 microsatellite markers was found to be 104, 72 and 45 for ADÜ-ÇÇKP, EA and MV flocks, respectively. The considerable difference in the allele numbers of the flocks indicates high genetic variability in the ADÜ-ÇÇKP flock versus the other two breeders flocks. The observed alleles have different size from other shows the existence of private alleles for flocks. According to the polymorphism information content (PIC) values, the highest and lowest polymorphism was detected to be 0.875 and 0.699 for OarFCB193 and OarFCB304 markers, respectively. The mean expected heterozygosity (He) and the mean observed heterozygosity (Ho) for the whole Çine Çaparı population under conservation were 0.727 and 0.789, respectively. The highest genetic similarity (0.8262) was observed between the ADU-ÇÇKP conservation flock and Erdoğan Aktürks flock. The results obtained in the present study will help to interpret the genetic structure of indigenous Çine Çaparı sheep and will be of benefit to the eff orts for conservation of this breed.