Genotypic and pathogenic Characterization of Newcastle Disease Viruses isolated from domestic ducks in China

Çinde evcil ördeklerden izole edilen Newcastle Hastalığı Viruslarının genotipik ve patojenik karakterizasyonu

Özet

Çinin Guangdong Bölgesindeki ördeklerde Newcastle Hastalığı Virusu (NDV) prevalansını belirlemek amacıyla evcil ördeklerden 10 NDV izole edildi. MDT, ICPI ve F proteininin ayrılma yeri dikkate alınarak sekiz izolatın patojenik olduğu belirlendi. 10 izolatın F genlerinin sekansları yapıldı, tüm genler ve onlara ait amino asitler 32 referans türleri ile karşılaştırıldı. 5 izolat genotip VIIde toplanırken (VIId), 3 izolat genotip IX ve 2 izolat genotip olarak sınıfandırıldı. Subgenotip VIID izolatları 112R-R-Q-K-R-F117 motifine sahipken genotip IX izolatları 112R-R-Q-R-R-F117 motifi gösterdi. 8 NDV izolatı yüksek ICPI sergilerken bunlar NDVnin velojenik tipi olarak sınıfandırıldı ve bu örnekler 2006 ile 2010 yılları arasında toplandı. 112G-K-Q-G-R-L117 motifine sahip olan genotip I izolatları 2005 yılında toplandı. Bunlar düşük ICPI gösterdi ve NDVnin lentojenik tipi olarak sınıfandırıldı. Subgenotip VIInin NDVleri şimdi dominant olup Guangdong Bölgesindeki ördek çiftliklerinde son zamanlardaki çoğu ND salgınlarında belirlenmiştir. Bu bulgular Çinde ördeklerdeki NDVün genetik ve moleküler gelişimi hakkında bilgi vermekte ve hastalığın kontrol stratejileri hakkında NDV takibinin önemini ortaya koymaktadır.

Abstract

In order to determine the prevalence of Newcaste Disease Virus (NDV) in ducks in Guangdong province of China, 10 NDVs were isolated in domestic ducks. Eight isolates were pathogenic as determined by MDT, ICPI and cleavage site of F protein. The F genes of 10 isolates were sequenced, all the genes and their deduced amino acids were compared with 32 reference strains. 5 isolates were clustered in genotype VII (VIId), 3 isolates were classified as genotype IX and 2 isolates were classified as genotype. The subgenotype VIId isolates possessed the motif 112R-R-Q-K-R-F117, and the genotype IX isolates possessed the motif 112R-R-Q-R-R-F117. The 8 NDV isolates exhibited a high ICPI, they were classified as velogenic type of NDVs and were collected between the years of 2006 and 2010. The genotype I isolates possessing the motif 112G-K-Q-G-R-L117 were collected in 2005, they were exhibited a low ICPI and were classified as lentogenic type of NDVs. The NDVs of subgenotype VII are now dominant and have been implicated in most of the recent ND outbreaks in duck farms in Guangdong province. These findings provide data on genetics and molecular evolution of NDV in ducks in China and emphasize importance of NDV surveillance for improving of strategies for the control of the disease.