Investigation of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) in fecal and bulk milk samples from dairy farms in Thrace region of Turkey

Türkiye Trakya Bölgesindeki süt işletmelerinden toplanan fekal ve çiğ süt örneklerinde Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) incelemesi

Özet

Trakya Türkiyenin Avrupa topraklarında olup, Güney Bulgaristan ve Kuzeydoğu Yunanistan sınırlarının keşiştiği bir bölgedir. FAO 1999 yılında bu bölgeyi zoonozları erken önlemek bakımından stratejik önemi olan Avrupa aşılama tampon bölgesi olarak duyurmuştur. Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis (MAP) varlığı Trakyada net şekilde anlaşılamamıştır. Bu çalışmada zoonozlardan ari olarak kabul edilen Trakyada MAP varlığını F57 Real time PCR assay ve IS900 nested-PCR yöntemlerini uygulayarak incelemek amaçlandı. Araştırmada, rastgele seçilen 30 adet süt işletmesinde 2 yaş ve üzeri sığırlardan 270 adet fekal örnek ile bu işletmelerin ve bulundukları köylerin süt toplama tanklarından 45 adet çiğ süt örnekleri toplandı. Bir süt işletmesini temsilen 9 adet fekal örnek tek havuz örnek olacak şekilde karıştırıldı. Örneklerden DNA izolatları elde edildi. İzolatlara F57-Real time PCR assay uygulandı. Elde edilen sonuçların IS900 nested-PCR yöntemi kullanılarak doğrulaması yapıldı. Sonuç olarak, havuz fekal örnekleri ve çiğ süt örneklerinde MAP genomu tespit edilmedi. Trakya bölgesinde MAP varlığının F57 -Real time PCR yönteminin tespit sınırının altında kaldığı sonucuna varıldı ve asemptomatik hayvanlar ve süt örneklerinde yalnızca PCR yöntemi ile MAP tespitinin zorluğu doğrulanmış oldu.

Abstract

The Thrace, which is Turkeys European part as well as the adjoining parts of Southern Bulgaria and north-east Greece has a strategic importance for being a vaccination bufer zone for Europe as declared by FAO in 1999. The objective of the study was to better understand the occurence of MAP in this animal disease free area of Turkey by applying F57 Real time PCR assay and IS900 nested-PCR. In this study, 270 feces samples from the dairy cattles over 2 years old in 30 randomly selected dairy farms, 45 raw milk samples from each of the bulk tanks belonging to these dairy farms and the villages located in Thrace were collected. Nine fecal samples were used to create the pooled fecal sample for a dairy farm before performing DNA extraction. All the samples were initially subjected to a F57 -Real time PCR analysis, and subsequently an insertion sequence IS900 nested-PCR was performed to verify the results. However, the results revealed that MAP genom could not be detected in any pooled fecal and milk samples. In conclusion, the occurrence of MAP in this part of Turkey may likely be very lower than the capability of the detection limit of the used Real time PCR assay. Furthermore, the results once more confirmed the difficulty of MAP detection in asymptomatic animals and milk samples by performing PCR technique only.