The Potential of Microarray Databases to Identify Tissue Specific Genes

Mikroarray Veritabanlarının Doku Spesifik Genlerin Belirlenmesindeki Potansiyeli

Özet

Doku spesifik genler gelişim ve metabolizma da önemli roller oynamaktadır. Günümüzde, GenBankasında farklı dokularla ilgili 3363628 gen ekspresyon profili ve 397988 mikroarray verisi bulunmaktadır. Büyük miktardaki verileri değerlendirmek ve doku spesifik genleri ortaya çıkarabilmek için yeni stratejilerin geliştirilmesi ve kullanılması gerekmektedir. Bu amaçla, bu çalışma mikroarray ve mikroarraylerle ilişkili gen ekspresyon profillerinin yeni doku spesifik genlerin belirlenmesinde kullanışlı bir araç olup olmadığını tartışmaktadır. Bu çalışmada, adipoz doku yeni doku spesifik genlerin belirlenmesi için hedef doku olarak seçilmiştir. Bu amaçla, insan ve fare mikroarray verileri karşılaştırmalı olarak analiz edilmiştir. Mikroarray verilerini desteklemek için, adipoz dokuyla ilgili gen ekspresyon profilleri GenBankasından seçilmiştir. Daha sonra, adipoz dokuyla ilgili mikroarray ve gen ekspresyon profil verileri eş zamanlı olarak değerlendirilmiştir. Mikroarray ve mikroarraylerle ilişkili gen ekspresyon profillerinin analiz sonuçlarına göre, Chrdl1 (Chordin-like 1) geninin yeni bir adipoz spesifik gen olduğuyla ilgili hipotez kurulmuştur. Hipotezi test etmek için, sığır dokularında RT-PCR analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuç olarak, hipotez başarılı bir şekilde test edilmiş ve Chrdl1 geni sığır adipoz dokusunda diğer dokulara göre yüksek derecede spesifik bulunmuştur. Böylelikle, mikroarray ve mikroarraylerle ilişkili gen ekspresyon profillerinin yeni doku spesifik genlerin belirlenmesinde kullanışlı bir araç olduğu sonucuna varılmıştır.

Abstract

Tissue specific genes play important roles in development and metabolism. Currently, GenBank has 3363628 GEO Profiles and 397988 microarray data related to various tissues. To evaluate the huge amounts of data and identify tissue specific genes, it is necessary to develop and use new strategies. To that end, this study discusses if microarray and microarray related GEO Profiles are a useful tool to identify new tissue specific genes. In the current study, adipose tissue sellected as a target tissue in order to find new tissue specific genes. Therefore, the human and mouse microarray data were analyzed comparatively. To support the microarray data, adipose tissue related GEO Profiles were selected from PubMed. Subsequently, adipose tissue related microarray and GEO Profiles were analysed simultaneously. According to analysis of microarray and GEO Profiles, Chrdl1 (Chordin-like 1) gene was hypothesized as a novel adipose specific gene. In order to test the hypothesis, RT-PCR analysis were performed for the bovine tissue distribution. As a result, the hypothesis was successfully tested and Chrdl1 gene was found highly specific in bovine adipose tissue than in various other tissues. Thus, it is concluded that microarray and microarray related GEO Profiles are a useful tool to identify new tissue specific genes