Dergiler / ANKEM Dergisi / 2013 / Cilt: 27 - Sayı: 3
KLİNİK ÖRNEKLERDEN ÜRETİLEN SHIGELLA SUŞLARININ ANTİBİYOTİK DUYARLILIKLARININ VE DEĞİŞKEN ALANLI JEL ELEKTROFOREZİ GENOTİPİK PROFİLLERİNİN ARAŞTIRILMASI
- Dergi
- ANKEM Dergisi
- Sayfa
- 113–123
- DOI
- —
Özet
İnf eksiyöz ishalin başta gelen etiyolojik ajanlarından birisi olan Shigella spp. inf eksiyonları major bir küresel halk sağlığı problemi olarak görülmektedir. Bu çalışmada 2005-2006 yıllarında Ankara ilinde dışkı örneklerinden izole edilmiş olan Shigella suşlarının f enotipik (antimikrobiyal direnç prof illerinin belirlenmesi) ve genotipik (PFGE-Değişken alanlı jel elektrof orezi) yöntemlerle tiplendirilmesi amaçlan- mıştır. Bu sonuçlardan hareketle Ankara iline ait Shigella spp. suşları için ampirik tedaviye yön verebilecek bir antibiyotik duyarlılık bilgisine ulaşılması ve antimikrobiyal duyarlılık yanında PFGE analizi ile suşlar arasında muhtemel klonal ilişkiyi ortaya koyarak bulaş derecelerinin belirlenmesi ve ileriye dönük inf eksiyon kontrol önlemlerinin geliştirilmesi hedef lenmiştir. Çalışmaya 2005 ve 2006 yıllarında izole edilmiş ikisi Shigella dysenteriae 27si Shigella sonnei olmak üzere toplam 29 Shigella suşu dahil edilmiştir. Suşlar 17 f arklı antibiyotiğe duyarlılık- ları açısından değerlendirilmiştir. Suşların antibiyotik duyarlılık sonuçlarına göre beş f arklı prof il elde edilmiştir. Çalışılan suşların tümü siprof loksasin, amikasin, imipenem, tobramisin, gentamisin, kloramf enikol ve aztreonama duyarlı bulunmuştur. Ampisiline beş (% 17.2), ampisilin-sulbaktama bir (% 3.4), piperasiline beş (% 17.2), tetrasikline 18 (% 62), trimetoprim-sülf ametoksazole 21 (% 72.4) suş dirençli olarak saptanmıştır. Suşlar arasında dört tane genişletilmiş spektrumlu beta laktamaz (ESBL) pozitif S.sonnei suşu tespit edilmiştir. XbaI enzimiyle elde edilen genomik DNAların PFGE analizleri sonucunda S.sonnei suşları için beş majör, S.dysenteriae suşları için ise bir PFGE prof ili elde edilmiştir. PFGE ile elde edilen bulgulara göre; 2005 ve 2006 yılları Shigella suşları arasında yapılan kıyaslamalarda genotipik homojenitenin büyük ölçüde korunduğu gözlenmiştir. Suşlar arasında ayırt edilemez ya da yakın ilişkili pek çok suşun olması bu dönemde gerçekleşen vaka kümelenmelerinin aynı bakteriyel kökenden olabileceğini ve devam eden bir klonun varlığını düşündürmektedir. Antimikrobiyal direnç pro- f illeri f arklı iken PFGE prof illeri identik ya da yakın ilişkili çıkan pek çok suşun varlığı, PFGEnin epidemiyolojik tiplendirmede antimikrobi- yal direnç prof illerine göre daha duyarlı sonuçlar verdiğini düşündürmektedir. Ancak Shigella spp. suşlarının antimikrobiyal duyarlılık çalışmalarının yapılmasının ampirik tedavi için her zaman yol gösterici olduğu akıldan çıkarılmamalıdır. Ülkemizde sporadik ya da salgın şeklinde vakalara neden olan Shigella spp. suşlarının bölgelere göre dağılımlarını değerlendirmek ve doğrulamak için daha çok sayıda ve uzun dönemleri kapsayan çalışmaların yapılması gerektiğine inanmaktayız. Bu çalışmalara ek olarak, bildirilen suşların klonal ilişkilerinin genotipik tiplendirme yöntemleriyle ortaya konulması; salgınların doğrulanmasında güvenilir bilgiler sunacak, bulaş yolları ve kaynaklarının bu şekilde tespiti, inf eksiyon kontrol ve tedavilerinde etkin yön- temler geliştirilmesine önemli katkı sağlayacaktır.
Abstract
Shigella spp. are among the major etiological agents of inf ectious diarrhea, and their inf ections are regarded as a major global public health problem. The aim of this study was to characterize Shigella strains isolated f rom stool samples between 2005-2006 in Ankara, using phenotypic (determining the antimicrobial resistance prof iles) and genotypic (pulsed-f ield gel electrophoresis; PFGE) methods. By employing these results, we aim to acquire a knowledge about the antibiotic sensitivity of the Shigella spp. strains in Ankara that could guide empirical treatment; in addition, we aim to reveal the possible clonal relationship between the isolates by PFGE analysis, to determine the degree of inf ections, and to develop preventive measures against inf ections. A total of 29 Shigella strains (two Shigella dysenteriae and 27 were Shigella sonnei) isolated in 2005 and 2006 were included in the study. The isolates were evaluated f or their sensitivities against 17 diff erent antibiotics. Five diff erent prof iles were determined according to the isolates sensitivity. All isolated were sensitive to ciprof loxacin, amikacin, imipenem, tobramycin, gentamicin, chloramphenicol and aztreonama. Five isolates (17.2 %) were resistant to ampicillin, one isolate (3.4 %) was resistant to ampicillin sulbactam, f ive isolates (17.2 %) were resistant to piperacillin, 18 isolates (62 %) were resistant to tetracycline, and 21 isolates (72.4 %) were resistant to trimetoprim-sulf ametoxazole. Four extended spectrum beta-lactamase (ESBL) positive S.sonnei strains were detec- ted among the isolates. PFGE analysis of XbaI-digested genomic DNAs revealed f ive major isolates of S.sonnei and one PFGE prof ile f or S.dysenteriae isolates. According to PFGE f indings; the genotypic homogenity was substantially conserved between the Shigella strains isolated in 2005 and 2006. Considering that various strains were either indistinguishable or closely related, we suspect that the case clusters could share a common bacterial origin, and at least one clone continues to persist. Many isolates were distinct f rom each other in terms of their antimicrobial resis- tance prof iles; yet, their PFGE prof iles were identical or closely-related. This f inding suggests that PFGE provides more accurate results in epidemiological typing compared to antimicrobial resistance prof iles. However, it should be noted that the antimicrobial sensitivity studies using Shigella spp. isolates is always instructive f or the empirical treatment. We believe that there is a need f or additional studies that cover longer terms to evaluate and conf irm the geographical distribution of Shigella spp. strains which cause sporadic cases or epidemics in our country. In addition to the f orementioned studies, determining the clonal relationships between the isolates by genotyping will provide accurate inf or- mation to conf irm epidemics, and detecting the route and the source(s) of inf ection will aid to develop more eff ective methods to control and treat these inf ections.