Homojen Glioblastoma Örneklerinin Yüksek Çözünürlüklü Genetik Teknolojiler ile Analizi

Analysis of Homogeneous Glioblastoma Samples with High-Resolution Genomic Technologies

Özet

Tümör içi genomik heterojenlik kanserlerde sıkça karşılaşılan bir durumdur. Normal şartlarda her bir hücrede her bir genin iki kopyası vardır ve bazı istisnalar dışında organizmanın farklı hücreleri aynı DNA dizisini taşır. Kanser hücrelerinde ise gerek mutasyonlar sonucu gerekse de DNA silinmeleri ve eklenmeleri sonucu bu düzenli yapı karmaşık ve heterojen bir yapıya dönüşür. Bu genetik heterojenliğin sebebi ve tümör oluşumundaki rolü, genetik veri üretebilme teknolojilerindeki gelişmeler ışığında son zamanlarda çokça çalışılan önemli bir problemdir. Aynı tümörden elde edilmiş yüksek çözünürlüklü homojen numuneler, heterojenliği anlamak için yapılan çalışmalarda büyük önem arz etmektedir. Gerek kanser dokusuna erişimdeki zorluklar, gerekse de finansal limitler böyle yüksek çözünürlüklü veri setlerinin elde edilmesi önünde engel oluşturmaktadır. Glioblastoma multiforme teşhis sonrası ortalama yaşam süresi yaklaşık on beş ay olan, en sık görülen ve en agresif beyin tümörüdür. Bu çalışmada bir glioblastoma hastasından alınan detaylı homojen ve heterojen numuneler kullanılarak elde edilmiş yüksek çözünürlüklü bir veri seti incelenip, yapılan analizler sunulacaktır.

Abstract

Intra-tumor genomic heterogeneity is a common feature in human cancers. Normally, there are two copies of each gene in a cell and all cells of an organism carries the same DNA sequence despite some exceptions. With mutations and copy number changes in cancer , this well-defined structure is impaired and transformed into a chaotic structure. Cause of these transformations and their role in tumor development and maintenance is an important problem of oncology. Recent technological improvements allow generation of high-resolution genomic data which can be utilized to address this problem. Obtaining high-resolution homogeneous samples that are obtained from a single cancer is critical to study intra-tumor genomic heterogeneity. Both experimental and financial limitations create difficulties in obtaining detailed data sets that includes such samples. Gioblastoma multiforme is the most common and most aggressive brain tumor with a median survival of fifteen months post diagnosis. In this manuscript, analysis results of a data set that includes high-resolution homogeneous and heterogeneous samples from a glioblastoma patient will be presented.